Nascido em 1737, no castelo da família, em Zaragoza, José Pignatelli y Moncayo – seu nome no civil - era descendente de uma família nobre. Aos 12 anos, junto com seu irmão, entrou para a Companhia de Jesus. Tornando-se logo exemplo de virtude, caridade e humildade, fez o Noviciado com os Jesuítas da província de Aragão, já santificada por São Pedro Claver, onde foi ordenado sacerdote, em 1762.
Amável educador e "pai dos enforcados"
José tinha um sonho: ser enviado em missão entre os índios da América, mas jamais conseguiu, porque, quando jovem, fora acometido pela tuberculose que, depois, se tornou crônica, ficando com saúde precária. Por isso, começou a ensinar gramática na escola de Zaragoza, distinguindo-se por suas excelentes qualidades de educador. Mas, não lhe era suficiente: foi um dos últimos a exercer seu apostolado. Assim, começou a frequentar os pobres e a visitar os prisioneiros, detendo-se, de modo particular, com os condenados à morte, aos quais dava coragem e consolação, o suficiente para receber o apelido de "pai dos enforcados".
Expulsão da Espanha
Em 1767, as coisas se complicaram. A Companhia de Jesus encontrava-se em maus lençóis por toda a Europa, tanto que os Jesuítas foram expulsos, consecutivamente, dos países onde atuavam: da França, do Reino das Duas Sicílias, dos Ducados de Parma e Piacenza, de Malta e Portugal; sobreviveram apenas na Rússia, Prússia e região da Silésia. Por fim, o rei Carlos II os expulsou também da Espanha. José decidiu não se valer da sua nobre linhagem para evitar o exílio. Por isso, partiu com três confrades para a Itália. O golpe final deu-se em 1773, quando Clemente XIV decretou a dissolução da Companhia de Jesus.
Grande restaurador da Companhia de Jesus
Desta forma, José entendeu qual seria a sua missão: contribuir para o ressurgimento dos Jesuítas. Enquanto se encontrava com seus confrades em Bolonha, reuniu, com o consenso do Papa Pio VII, todos os membros dispersos por toda a Europa: eis o primeiro passo da restauração. Mais tarde, Padre José Pignatelli conseguiu abrir um seminário em Colorno, no Ducado de Parma, onde foi Mestre dos Noviços.
Somente em 1800, Pio VII dispôs o renascimento definitivo daquela Ordem, que não tinha desaparecido, completamente, graças ao zelo apostólico de José, ao ser eleito Padre Provincial.
Antes da sua morte, ocorrida em 1811, José de Pignatelli conseguiu presenciar à abertura de duas novas Casas, em Roma e Nápoles.
Pio XII o canonizou em 1954.