Virgílio, de origem irlandesa, exerceu grande parte das suas atividades como bispo de Salzburg, na Caríntia, a convite de Pepino o Breve, com a missão de evangelizar e pacificar o recém-conquistado Ducado da Baviera.
Em sua terra natal, Virgílio viveu como monge, até ser nomeado Abade em um importante mosteiro.
Embora fosse um homem de grande cultura teológica e científica, a sua nomeação como Bispo não teve o consentimento de São Bonifácio, legado papal na Alemanha, apenas porque o imperador não teve a sensatez de consultá-lo. Todavia, este não foi o único motivo do atrito entre Bonifácio e Virgílio: entre eles havia também muita divergência em campo científico-cosmológico, com implicações no âmbito doutrinal. Repreendido pelo Papa Zacarias, Virgílio obedeceu com humildade, deixou de lado as disputas teológicas e dedicou-se com zelo à organização da sua Diocese. Ele se dedicou, incessantemente, à educação religiosa do povo e à assistência aos pobres. Em 774, inaugurou a primeira Catedral de Salzburg, para a qual transferiu as relíquias do primeiro Bispo da cidade, São Ruperto.
Enfim, acompanhou a fundação de numerosas abadias, como a de São Cândido, e estendeu suas atividades missionárias até Estíria e Panônia. São Virgílio faleceu em 784, mas a sua santidade foi reconhecida, oficialmente, apenas em 1233.